菌种的保藏是无菌检验、微生物限度检验工作中的一项重要内容。用人工方法低温、干燥、缺氧、缺营养等方法控制微生物的代谢，使细胞基本上处于休眠状态，繁殖受到抑制但仍保持菌种原有的各种生物学特性，以达到保种的目的。菌种保藏的关键是不变异、不污染、不死亡。
1.菌种保藏步骤1.1挑选特征典型的纯菌菌落。其方法是用接种环挑取少许菌苔，接种至2ml营养肉汤或0.9%氯化钠溶液中制成菌液，再取一环菌液在营养琼脂平板上分区划线，培养后可见单个菌落生长。1.2凡能产生孢子或芽胞的微生物都用孢子和芽孢进行保种。孢子和芽胞的代谢作用较弱，但对恶劣环境有很强的抵抗。在传代前，将菌液管放入80℃水浴中作用30分钟，杀死杂菌繁殖体后用芽孢传代。 1.3定期对保藏菌种进行检查、分离、纯化，以防菌种变异及衰退，检查项目包括菌落形态、染色、镜检、生化特性及血清学检查。1.4选择适宜的培养基及保藏方法。
2.常用菌种的保藏方法
2.1普通琼脂斜面 用于常用菌株的传代。在营养琼脂培养基内按0.5%加入琼脂粉配制而成。接种培养后，将菌种管用硅胶塞塞紧，置4℃冰箱保存，每隔2～3个月传种1次。铜绿假单孢菌在冰箱中易发生菌体自溶而死亡，其菌种须放25℃培养箱内保存。
2.2半固体琼脂 用于常用菌株的传代。在营养肉汤培养基内按0.5%加入琼脂粉配制而成。穿刺接种培养后，置4℃冰箱保存，6个月传种1次。如在培养管内加少量无菌液体石蜡隔绝空气，减少水分蒸发，可延长菌种的保藏期。
2.3真菌琼脂斜面 用于真菌的传代。在真菌培养基内按1.3%加入琼脂粉配制而成。划线接种后，20～25℃培养24小时，置4℃冰箱保存，3～6个月传种1次。
2.4沙氏琼脂斜面 用于真菌的传代。配方：蛋白胨10g ，葡萄糖10g，琼脂粉13g，加蒸馏水1000ml，待上述成分溶化后，摇匀分装，115℃灭菌20分钟，趁热摆成斜面。划线接种后，20～25℃培养24小时，置4℃冰箱保存，3～6个月传种1次。
2.5 40%甘油水 用于细菌的传代。配制方法：甘油40ml加水至100ml即成。分装至试管内，每支2ml左右，121℃灭菌20分钟备用。接种细菌后直接放4℃冰箱保存，6～12个月传代1次。
2.6需气菌、厌气菌培养基 用于生孢梭菌的传代。取生孢梭菌CMCCB64941菌液1ml至需气菌、厌气菌培养基15ml内，30～35℃培养18～24h，置4℃冰箱内保存3～6个月传种1次。
2.7 疱肉培养基 用于破伤风梭菌的传代。取破伤风梭菌CMCCB64067菌液0.1ml接种于疱肉培养基内，36℃±1℃厌氧培养3～4天，置4℃冰箱保存，6～12个月传代1次。
2.8 液氮超低温保藏法 适用于各类微生物的保藏。液氮温度可达-196℃，此时菌种的新陈代谢活动已停止，但不会死亡。在配制好的菌液内加10%甘油作为保护剂，分装于安瓿中，置液氮罐内可保存10年之久。
2.9冷冻真空干燥保藏法 本法广泛适用于各类微生物的保藏，包括病毒和噬菌体。将菌液混于有保护作用的介质内，分装于灭菌菌种管内，速冻后抽真空，使菌液很快变为疏松的干燥菌粉，最后在真空状态下密封管口，菌种保存期最长可达20年以上。
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